투표용지 부족 사태가 전국적으로 확산되자 중앙선거관리위원회는 선거일인 6월 3일 저녁 9시경 허철훈 사무총장을 대변인으로 대국민 사과 입장을 발표했다. 사과 주체가 노태악 위원장이 아닌 사무총장이었다는 점, 개표가 이미 진행 중인 상황에서 나왔다는 점에서 “사후약방문”이라는 비판이 제기됐다.
선관위는 부족한 투표용지를 긴급 이송했으며, 투표 종료 시각인 오후 6시 이후에도 투표를 계속 진행할 수 있도록 조치했다고 설명했다. 향후 투표용지 인쇄·배부 체계와 현장 수급 관리 과정의 문제점을 확인하고 원인 조사 및 재발 방지 대책을 마련하겠다고 약속했다.